Ese es el problema, yo hice exactamente lo mismo en mi primer montaje. Los pines I2C son el pin físico 3 (es el BCM GPIO2, SDA) y el pin físico 5 (BCM GPIO3, SCL). Tú tienes SDA en GPIO3, que en realidad es SCL, y SCL en GPIO5, que es el pin físico 29 y no es I2C en absoluto. Por eso el bus no tiene ningún dispositivo respondiendo y obtienes la cuadrícula vacía. Casi con toda seguridad los sensores están bien.Mueve SDA al pin físico 3 y SCL al pin físico 5; entonces deberías ver 0x77 (o 0x76, según el jumper SDO) para el BME280 y 0x10 para el VEML7700. La Pi ya tiene resistencias pull-up de 1,8 kΩ en esos dos pines, y las placas breakout añaden las suyas, así que no añadas más.Luego la lectura y el envío son breves. Uso los drivers de CircuitPython de Adafruit más paho:

import json, time, board, adafruit_bme280.basic as bme, adafruit_veml7700
import paho.mqtt.client as mqtt

i2c = board.I2C()
env = bme.Adafruit_BME280_I2C(i2c, address=0x77)
lux = adafruit_veml7700.VEML7700(i2c)

c = mqtt.Client(client_id="lab-env-01")
c.username_pw_set(TOKEN)              # token as username, no password
c.tls_set()
c.connect(BROKER_HOST, 8883, 60)
c.loop_start()
while True:
    msg = {"temp_c": round(env.temperature, 2), "rh": round(env.humidity, 1),
           "pressure_hpa": round(env.pressure, 1), "lux": round(lux.lux, 1)}
    c.publish("v1/telemetry", json.dumps(msg), qos=1)
    time.sleep(30)

Objeto plano, así que Hermetry le asigna la hora de recepción, lo cual sirve para lecturas de 30 s. Las reglas del payload están aquí si más adelante quieres añadir marcas de tiempo: MQTT topics and payload reference.