Respuesta: La regla que activa el relé de la bomba al atardecer hace que la Pi se reinicie cada vez que se ejecuta

Gracias Selim, resultó ser las dos cosas a la vez. Quité el jumper y conecté un adaptador de 5V separado, y además monté un módulo snubber RC junto a la bobina. Desde hace una semana, el relé se activa y desactiva cada noche, y en la pestaña Log ya no aparece ningún keepalive_timeout. Nunca entendí para qué sirve JD-VCC; pensaba que había aislamiento porque la placa tiene optoacopladores. También apliqué la idea del contacto auxiliar, y ahora el panel muestra si la bomba realmente está funcionando.